Let's Study Animal Breeding

genotype을 결정하였으면 분석을 위하여 다운로드를 받아야 한다. 그런데 이때 아무런 조치를 하지 않으면 개체의 이름으로 cel 파일 이름이 출력된다. 난감한 상황이다. 여기서는 genotype을 다운로드할 때 개체의 이름으로 cel 파일 이름이 아니라 우리가 입력한 이름으로 출력하는 방법을 설명한다. 

실험실에 cel 파일 이름을 어레이타입_어레이바코드_어레이위치_개체번호 형식으로 만들어 달라고 요구하는 것이 바람직할 것이라고 설명했다. cel 파일 이름이 이런 형식으로 되어 있다면 다음과 같이 쉽게 개체 이름을 추출할 수 있을 것이다.

A2 cell 있는 cel 파일 이름을 잘 살펴 보면 네 번째 "_" 다음에 개체 번호가 시작된다. 네 번째 "_"의 위치를 찾아내는 함수는 =FIND("~", SUBSTITUTE(A2,"_","~",4))+1 과 같다. 네 번째 "_" 를 "~"로 바꾼다음 "~"의 위치를 찾는 함수이다. 그리고 개체 번호 다음 문자가 "."인데 이것의 위치를 찾아내는 함수는 =FIND(".",A2)이다. 개체 이름은 =MID(A2,C2,D2-C2) 함수로 추출할 수 있다. 결과는 다음과 같다.

Sample Filename 열과 Alternate Sample Name 열만 출력하여 필요한 파일을 만들면 된다. 동영상에선 간단히 개체 이름을 입력하지만 실제에선 위와 같은 방법을 이용하여야 한다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727634247

실험실에서 cel 파일을 읽은 결과 즉 Analysis Result 폴더를 보내주는 경우도 있다. 이때는 굳이 다시 cel 파일을 읽을 필요가 없다. 여기서는 실험실에서 보내준 Analysis Result 폴더를 읽는 방법에 대해 알아본다. 참고로 실험실에서 Analysis Result를 보내 주더라도 cel 파일과 registration 파일은 챙겨두도록 하자. 쓸모가 많다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727830334

실험을 하고 나면 실험의 결과로 cel 이란 확장자를 가진 파일들이 만들어 진다. 1개체 당 1개의 cel 파일이 만들어진다. 실험실에 cel 파일의 이름을 어레이타입_어레이바코드_어레이위치_개체번호 형식으로 해달라고 하면 해준다. 요구사항이 없으면 실험실 자체 규약대로 해준다. 이렇게 cel 파일의 이름을 정하면 경험상 관리가 편리할 것으로 보인다. 원하는 형식이 있다면 원하는 형식대로 해도 된다. Axiom Analysis Suite로 cel 파일을 읽어서 genotype을 결정하게 된다.  cel 파일을 읽는 방법에 대해서 설명한다.

cel 파일 이름 권고 관련 참고 

https://blog.naver.com/iq6000/223645865305

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727617931

커스텀 칩과 같은 경우 Axiom Analysis Suite의 Preferences에서 Library를 설치할 수 없다. 분석기관에서 제공한 Library를 이용하여 설치하여야 한다. 압축을 풀고 Library 폴더에 복사하면 된다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727514091

Axiom Analysis Suite로 cel 파일을 읽어 오는데, 지금 읽고 있는 cel 파일이 뭐다라고 설명해 주는 파일(or 폴더?)이 Library 이다. 예를 들어 소 칩 cel 파일을 읽는 경우에는 Axiom_BovMDv3.r2 library가 필요하고, 돼지 칩 cel 파일을 읽는 경우에는 Axiom_PigHDv1이 필요하다. 여기서는 Axiom Analysis Suite에서 필요한 Library를 선택하고 다운로드 받아 설치하는 방법을 설명한다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727514091