Let's Study Animal Breeding

실험실에서 cel 파일을 읽은 결과 즉 Analysis Result 폴더를 보내주는 경우도 있다. 이때는 굳이 다시 cel 파일을 읽을 필요가 없다. 여기서는 실험실에서 보내준 Analysis Result 폴더를 읽는 방법에 대해 알아본다. 참고로 실험실에서 Analysis Result를 보내 주더라도 cel 파일과 registration 파일은 챙겨두도록 하자. 쓸모가 많다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727830334

실험을 하고 나면 실험의 결과로 cel 이란 확장자를 가진 파일들이 만들어 진다. 1개체 당 1개의 cel 파일이 만들어진다. 실험실에 cel 파일의 이름을 어레이타입_어레이바코드_어레이위치_개체번호 형식으로 해달라고 하면 해준다. 요구사항이 없으면 실험실 자체 규약대로 해준다. 이렇게 cel 파일의 이름을 정하면 경험상 관리가 편리할 것으로 보인다. 원하는 형식이 있다면 원하는 형식대로 해도 된다. Axiom Analysis Suite로 cel 파일을 읽어서 genotype을 결정하게 된다.  cel 파일을 읽는 방법에 대해서 설명한다.

cel 파일 이름 권고 관련 참고 

https://blog.naver.com/iq6000/223645865305

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727617931

커스텀 칩과 같은 경우 Axiom Analysis Suite의 Preferences에서 Library를 설치할 수 없다. 분석기관에서 제공한 Library를 이용하여 설치하여야 한다. 압축을 풀고 Library 폴더에 복사하면 된다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727514091

Axiom Analysis Suite로 cel 파일을 읽어 오는데, 지금 읽고 있는 cel 파일이 뭐다라고 설명해 주는 파일(or 폴더?)이 Library 이다. 예를 들어 소 칩 cel 파일을 읽는 경우에는 Axiom_BovMDv3.r2 library가 필요하고, 돼지 칩 cel 파일을 읽는 경우에는 Axiom_PigHDv1이 필요하다. 여기서는 Axiom Analysis Suite에서 필요한 Library를 선택하고 다운로드 받아 설치하는 방법을 설명한다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727514091

Axiom Analysis Suite 프로그램은 cel 파일을 읽고, genotype을 결정하고, genotype을 분석할 수 있도록 여러 가지 형태(txt, vcf, plink 등)로 출력하는 기능을 가지고 있다. 그런데 일루미나 사의 GenomeStudio가 출력하는 Final Report 형태로 출력하는 기능은 없다. 그래서 Final Report 형태로 출력하는 외부 프로그램이 필요했고, 그 프로그램이 바로 Axiom Long Export Format Too이다. 나중에 사용하는 방법을 설명할테니 우선 설치부터 해 보자.

참고글

https://blog.naver.com/iq6000/223727472278