Let's Study Animal Breeding

Axiom Analysis Suite 프로그램에서 Genotype Data를 PLINK 형식으로 다운로드하는 방법에 대해 알아보자.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727721183

VCF 포맷으로 genotyping data를 다운로드하는 방법에 대해서 알아본다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727663646

Result Ouput Fomat을 TXT로, Call Output Format을 Call Code 형태로 Genotyping Data를 다운로드 하자. Call Code 형태라는 것은 Genotype을 A, T, G, C의 형태가 아닌 A/B 형태로 다운로드한다는 뜻이다.

Axiom Analisys Suite가 cel 파일을 읽어 genotype을 결정하였다. 이 genotyping data를 다운로드 받아야 분석할 수 있다. 여기서는 TXT 포맷, 그 중에서 Forward Strand Base Call 방식으로 genotyping data를 다운로드하는 방법에 대해서 알아본다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727659265

genotype을 결정하였으면 분석을 위하여 다운로드를 받아야 한다. 그런데 이때 아무런 조치를 하지 않으면 개체의 이름으로 cel 파일 이름이 출력된다. 난감한 상황이다. 여기서는 genotype을 다운로드할 때 개체의 이름으로 cel 파일 이름이 아니라 우리가 입력한 이름으로 출력하는 방법을 설명한다. 

실험실에 cel 파일 이름을 어레이타입_어레이바코드_어레이위치_개체번호 형식으로 만들어 달라고 요구하는 것이 바람직할 것이라고 설명했다. cel 파일 이름이 이런 형식으로 되어 있다면 다음과 같이 쉽게 개체 이름을 추출할 수 있을 것이다.

A2 cell 있는 cel 파일 이름을 잘 살펴 보면 네 번째 "_" 다음에 개체 번호가 시작된다. 네 번째 "_"의 위치를 찾아내는 함수는 =FIND("~", SUBSTITUTE(A2,"_","~",4))+1 과 같다. 네 번째 "_" 를 "~"로 바꾼다음 "~"의 위치를 찾는 함수이다. 그리고 개체 번호 다음 문자가 "."인데 이것의 위치를 찾아내는 함수는 =FIND(".",A2)이다. 개체 이름은 =MID(A2,C2,D2-C2) 함수로 추출할 수 있다. 결과는 다음과 같다.

Sample Filename 열과 Alternate Sample Name 열만 출력하여 필요한 파일을 만들면 된다. 동영상에선 간단히 개체 이름을 입력하지만 실제에선 위와 같은 방법을 이용하여야 한다.

참고 글

https://blog.naver.com/iq6000/223727634247