blupf90으로 다형질 모형(same model with missing record)의 육종가 구하기

blupf90으로 다형질 모형(same model with missing record)의 육종가 구하기

 

R. A. Mrode, Linear Models for the prediction of Animal Breeding Values, 2nd Edition. p96 Example 5.3

 

data

 

4 1 4.5 0

5 2 2.9 5.0

6 2 3.9 6.8

7 1 3.5 6.0

8 1 5.0 7.5

9 2 4.0 0

 

animal, sex, trait1, trait2

trait2의 0이 missing 을 의미한다. 나머지는 missing이 없는 모형과 동일하다.

 

data.txt로 저장

 

pedigree

 

1 0 0

2 0 0

3 0 0

4 1 0

5 3 2

6 1 2

7 4 5

8 3 6

9 7 8

 

pedi.txt로 저장

 

renumf90을 위한 parameter 파일 작성

 

# Parameter file for program renf90; it is translated to parameter

# file for BLUPF90 family programs.

DATAFILE

data.txt

TRAITS

3 4

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

40.0 11.0

11.0 30.0

EFFECT

2 2 cross numer

EFFECT

1 1 cross numer

RANDOM

animal

FILE

pedi.txt

FILE_POS

1 2 3

PED_DEPTH

0

(CO)VARIANCES

20.0 18.0

18.0 40.0

 

설명

 

DATAFILE

data.txt

 

자료 파일 이름

 

TRAITS

3 4

 

자료 파일에서 관측치의 위치(컬럼)

 

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

40.0 11.0

11.0 30.0

 

잔차 분산-공분산 행렬

 

EFFECT

2 2 cross numer

 

둘째 컬럼이 첫째 형질과 둘째의 분류 효과. 숫자로 되어 있음

 

EFFECT

1 1 cross numer

 

첫째 컬럼이 첫째 형질과 둘째의 분류 효과. 숫자로 되어 있음

 

RANDOM

animal

 

임의 개체 효과

 

FILE

pedi.txt

 

혈통 파일 이름

 

FILE_POS

1 2 3

 

혈통 파일은 animal, sire, dam

 

PED_DEPTH

0

 

끝까지 혈통 추적

 

(CO)VARIANCES

20.0 18.0

18.0 40.0

 

개체 효과의 분산-공분산 행렬

 

실행 화면

 

 

Pos 4의 N이 missing이 2이어서 4이다.

 

 

 

생성된 파일

 

renf90.tables

 

Effect group 1 of column 1 with 2 levels, effect # 1

Value # consecutive number

1 3 1

2 2 2

 

고정효과 : 원래 번호, 개수, 새로운 번호

 

renf90.dat

 

4.5 0 1 3

2.9 5.0 2 6

3.9 6.8 2 4

3.5 6.0 1 1

5.0 7.5 1 5

4.0 0 2 2

 

 

trait1, trait2, 고정효과, 개체효과

 

renadd03.ped

 

1 3 6 1 0 2 1 1 0 7

8 0 0 3 0 0 0 0 2 2

2 1 5 1 0 2 1 0 0 9

3 7 0 2 0 1 1 1 0 4

4 7 8 1 0 2 1 0 1 6

7 0 0 3 0 0 0 2 0 1

5 9 4 1 0 2 1 0 1 8

9 0 0 3 0 0 0 2 0 3

6 9 8 1 0 2 1 0 1 5

 

 

renumbered 된 혈통. 자세한 설명은 single trait animal model 참조

 

renf90.par

 

# BLUPF90 parameter file created by RENF90

DATAFILE

renf90.dat

NUMBER_OF_TRAITS

2

NUMBER_OF_EFFECTS

2

OBSERVATION(S)

1 2

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

3 3 2 cross

4 4 9 cross

RANDOM_RESIDUAL VALUES

40.00000 11.00000

11.00000 30.00000

RANDOM_GROUP

2

RANDOM_TYPE

add_animal

FILE

renadd02.ped

(CO)VARIANCES

20.00000 18.00000

18.00000 40.00000

 

설명

 

DATAFILE

renf90.dat

 

자료 파일의 이름

 

NUMBER_OF_TRAITS

2

 

형질의 수

 

NUMBER_OF_EFFECTS

2

 

효과의 수(sex, animal)

 

OBSERVATION(S)

1 2

 

관측치의 위치

 

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

3 3 2 cross

4 4 9 cross

 

셋째 컬럼이 trait1과 trait2의 효과, 레벨 개수는 2, 분류 효과

넷째 컬럼이 trait1과 trait2의 효과, 레벨 개수는 9, 분류 효과

 

RANDOM_RESIDUAL VALUES

40.00000 11.00000

11.00000 30.00000

 

잔차 효과의 분산-공분산 행렬

 

RANDOM_GROUP

2

 

효과 중 둘째 효과가 임의 효과

 

RANDOM_TYPE

add_animal

 

additive genetic animal effect

 

FILE

renadd02.ped

 

혈통 파일의 이름

 

(CO)VARIANCES

20.00000 18.00000

18.00000 40.00000

 

개체 효과의 분산-공분산 효과

 

blupf90 실행 화면

 

 

 

   

solutions 결과 파일

 

trait/effect level solution

1 1 1 4.32729593

2 1 1 6.79255963

1 1 2 3.59818675

2 1 2 5.96638538

1 2 1 -0.28011611

2 2 1 -0.45228345

1 2 2 0.07696094

2 2 2 0.05061918

1 2 3 0.02661649

2 2 3 0.03573932

1 2 4 0.23499827

2 2 4 0.47711180

1 2 5 0.27161182

2 2 5 0.40733830

1 2 6 -0.30651927

2 2 6 -0.52054798

1 2 7 0.15391436

2 2 7 0.28768821

1 2 8 -0.05886748

2 2 8 -0.05298074

1 2 9 -0.06148640

2 2 9 -0.16263763

 

형질 2개, 효과 2개

1번 animal은 원래 7번 개체, trait1의 육종가는 -0.28011611 trait2의 육종가는 –0.45228345

 

 

05_multi_02.zip