blupf90으로 다형질 모형(different model)의 육종가 구하기

blupf90으로 다형질 모형(different model)의 육종가 구하기

 

R. A. Mrode, Linear Models for the prediction of Animal Breeding Values, 2nd Edition. p102 Example 5.5

 

data

 

4 1 1 201 280

5 1 2 150 200

6 2 1 160 190

7 1 1 180 250

8 2 2 285 300

 

 

animal, hys1 hys2 fat1 fat2

fat1은 1산차의 유지방량

fat2은 2산차의 유지방량

hys1은 1산차의 herd-year-season fixed effect

hys2은 2산차의 herd-year-season fixed effect

 

data.txt로 저장

 

pedigree

 

1 0 0

2 0 0

3 0 0

4 1 2

5 3 2

6 1 5

7 3 4

8 1 7

 

pedi.txt로 저장

 

renumf90을 위한 parameter 파일 작성

 

# Parameter file for program renf90; it is translated to parameter

# file for BLUPF90 family programs.

DATAFILE

data.txt

TRAITS

4 5

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

65 27

27 70

EFFECT

2 0 cross numer

EFFECT

0 3 cross numer

EFFECT

1 1 cross numer

RANDOM

animal

FILE

pedi.txt

FILE_POS

1 2 3

PED_DEPTH

0

(CO)VARIANCES

35 28

28 30

 

설명

 

DATAFILE

data.txt

 

자료 파일 이름

 

TRAITS

4 5

 

자료 파일에서 관측치의 위치(컬럼)

 

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

65 27

27 70

 

잔차 분산-공분산 행렬

 

EFFECT

2 0 cross numer

 

둘째 컬럼이 첫째 형질의 분류 효과. 숫자로 되어 있음

둘째 형질에는 쓰이지 않음

 

EFFECT

0 3 cross numer

셋째 컬럼이 둘째 형질의 분류 효과, 숫자로 되어 있음

첫째 형질에는 쓰이지 않음

 

 

EFFECT

1 1 cross numer

 

첫째 컬럼이 첫째 형질과 둘째의 분류 효과. 숫자로 되어 있음

 

RANDOM

animal

 

임의 개체 효과

 

FILE

pedi.txt

 

혈통 파일 이름

 

FILE_POS

1 2 3

 

혈통 파일은 animal, sire, dam

 

PED_DEPTH

0

 

끝까지 혈통 추적

 

(CO)VARIANCES

35 28

28 30

 

개체 효과의 분산-공분산 행렬

 

실행 화면

 

 

 

 

생성된 파일

 

renf90.tables

 

Effect group 1 of column 1 with 2 levels, effect # 1

Value # consecutive number

1 3 1

2 2 2

Effect group 2 of column 1 with 2 levels, effect # 2

Value # consecutive number

1 3 1

2 2 2

 

고정효과 : 원래 번호, 개수, 새로운 번호

 

renf90.dat

 

201 280 1 1 2

150 200 1 2 5

160 190 2 1 3

180 250 1 1 1

285 300 2 2 4

 

trait1, trait2, 고정효과1, 고정효과2, 개체효과

 

renadd03.ped

 

1 8 2 1 0 2 1 0 1 7

7 0 0 3 0 0 0 0 2 2

2 6 7 1 0 2 1 0 1 4

3 6 5 1 0 2 1 0 0 6

6 0 0 3 0 0 0 3 0 1

4 6 1 1 0 2 1 0 0 8

8 0 0 3 0 0 0 2 0 3

5 8 7 1 0 2 1 0 1 5

 

 

renumbered 된 혈통. 자세한 설명은 single trait animal model 참조

 

renf90.par

 

# BLUPF90 parameter file created by RENF90

DATAFILE

renf90.dat

NUMBER_OF_TRAITS

2

NUMBER_OF_EFFECTS

3

OBSERVATION(S)

1 2

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

3 0 2 cross

0 4 2 cross

5 5 8 cross

RANDOM_RESIDUAL VALUES

65.000 27.000

27.000 70.000

RANDOM_GROUP

3

RANDOM_TYPE

add_animal

FILE

renadd03.ped

(CO)VARIANCES

35.000 28.000

28.000 30.000

 

설명

 

DATAFILE

renf90.dat

 

자료 파일의 이름

 

NUMBER_OF_TRAITS

2

 

형질의 수

 

NUMBER_OF_EFFECTS

3

 

효과의 수(hys1, hys2, animal)

 

OBSERVATION(S)

1 2

 

관측치의 위치

 

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

3 0 2 cross

0 4 2 cross

5 5 8 cross

 

셋째 컬럼이 trait1 효과, 레벨 개수는 2, 분류 효과

넷째 컬럼이 trait2의 효과, 레벨 개수는 2, 분류 효과

다섯째 컬럼이 trati1과 trait2의 효과, 레벨 개수는 8, 분류 효과

 

RANDOM_RESIDUAL VALUES

65.000 27.000

27.000 70.000

 

잔차 효과의 분산-공분산 행렬

 

RANDOM_GROUP

3

 

효과 중 셋째 효과가 임의 효과

 

RANDOM_TYPE

add_animal

 

additive genetic animal effect

 

FILE

renadd02.ped

 

혈통 파일의 이름

 

(CO)VARIANCES

35.000 28.000

28.000 30.000

 

개체 효과의 분산-공분산 효과

 

blupf90 실행 화면

 

 

 

 

 

solutions 결과 파일

 

trait/effect level solution

1 1 1 175.73126932

2 1 1 0.00000000

1 1 2 219.61329163

2 1 2 0.00000000

1 2 1 0.00000000

2 2 1 243.23908882

1 2 2 0.00000000

2 2 2 240.54972672

1 3 1 8.69047062

2 3 1 8.13764785

1 3 2 11.75424348

2 3 2 11.65758659

1 3 3 -17.31430136

2 3 3 -15.71912184

1 3 4 22.70213920

2 3 4 20.93068854

1 3 5 -16.25295584

2 3 5 -15.82350872

1 3 6 8.96916211

2 3 6 8.84028592

1 3 7 -2.99914152

2 3 7 -2.77728153

1 3 8 -5.97001226

2 3 8 -6.06301206

 

형질 2개, 효과 2개

trait1(fat1)에는 effect2(hys2)의 각 level의 값이 0이다.

1번 animal은 원래 7번 개체, trait1의 육종가는 8.69047062 trait2의 육종가는 8.13764785

 

 

06_multi_03.zip