blupf90으로 common environmental effect 모형의 육종가 구하기

blupf90으로 common environmental effect 모형의 육종가 구하기

 

R. A. Mrode, Linear Models for the prediction of Animal Breeding Values, 2nd Edition. p79 Example 4.2

 

data

 

6 2 1 90

7 2 2 70

8 2 2 65

9 4 2 98

10 4 1 106

11 4 2 60

12 4 2 80

13 5 1 100

14 5 2 85

15 5 1 68

 

개체, 어미, sex, weaning_weight

 

data.txt로 저장

 

혈통

 

1 0 0

2 0 0

3 0 0

4 0 0

5 0 0

6 1 2

7 1 2

8 1 2

9 3 4

10 3 4

11 3 4

12 3 4

13 1 5

14 1 5

15 1 5

 

animal, sire, dam

 

pedi.txt로 저장

 

renumf90을 위한 parameter 파일 작성

 

# Parameter file for program renf90; it is translated to parameter

# file for BLUPF90 family programs.

DATAFILE

data.txt

TRAITS

4

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

65.0

EFFECT

3 cross numer

EFFECT

1 cross numer

RANDOM

animal

FILE

pedi.txt

FILE_POS

1 2 3

PED_DEPTH

10

(CO)VARIANCES

20.0

EFFECT

2 cross numer

RANDOM

diagonal

(CO)VARIANCES

15

 

설명

 

DATAFILE

data.txt

 

자료 파일 이름

 

TRAITS

4

 

관측치 컬럼

 

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

65.0

 

잔차 분산

 

EFFECT

3 cross numer

 

셋째 컬럼이 분류효과, 숫자로 되어 있음

 

EFFECT

1 cross numer

 

첫째 컬럼이 분류 효과, 숫자로 되어 있음

 

RANDOM

animal

 

개체 효과

 

FILE

pedi.txt

 

혈통 파일의 이름

 

FILE_POS

1 2 3

 

혈통은 animal, sire, dam 순서

 

PED_DEPTH

10

 

10세대까지 혈통 추적

 

(CO)VARIANCES

20.0

 

개체 효과의 분산

 

EFFECT

2 cross numer

 

둘째 컬럼이 분류 효과. 숫자로 되어 있음

 

RANDOM

diagonal

 

대각원소에 특정값을 더해 주는 임의 효과(여기서는 공통 환경 효과)

 

(CO)VARIANCES

15

 

공통 환경 효과의 분산

 

실행 화면

 

 

 

 

 

생성된 파일

 

renf90.tables

 

Effect group 1 of column 1 with 2 levels, effect # 1

Value # consecutive number

1 4 1

2 6 2

Effect group 3 of column 1 with 3 levels, effect # 3

Value # consecutive number

2 3 1

4 4 2

5 3 3

 

sex 효과와 공통환경 효과에 대한 개수와 새로운 번호

 

renf90.dat

 

90 1 5 1

70 2 1 1

65 2 7 1

98 2 3 2

106 1 9 2

60 2 4 2

80 2 10 2

100 1 6 3

85 2 2 3

68 1 8 3

 

관측치, 고정효과(sex), 개체효과, 공통환경효과

 

renadd03.ped

 

1 11 12 1 0 2 1 0 0 7

2 11 15 1 0 2 1 0 0 14

12 0 0 3 0 0 0 0 3 2

3 13 14 1 0 2 1 0 0 9

14 0 0 3 0 0 0 0 4 4

4 13 14 1 0 2 1 0 0 11

5 11 12 1 0 2 1 0 0 6

6 11 15 1 0 2 1 0 0 13

11 0 0 3 0 0 0 6 0 1

7 11 12 1 0 2 1 0 0 8

8 11 15 1 0 2 1 0 0 15

13 0 0 3 0 0 0 4 0 3

9 13 14 1 0 2 1 0 0 10

15 0 0 3 0 0 0 0 3 5

10 13 14 1 0 2 1 0 0 12

 

renumbered 된 혈통. 자세한 설명은 single trait animal model 참조

 

renf90.par

 

# BLUPF90 parameter file created by RENF90

DATAFILE

renf90.dat

NUMBER_OF_TRAITS

1

NUMBER_OF_EFFECTS

3

OBSERVATION(S)

1

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

2 2 cross

3 15 cross

4 3 cross

RANDOM_RESIDUAL VALUES

65.00000

RANDOM_GROUP

2

RANDOM_TYPE

add_animal

FILE

renadd02.ped

(CO)VARIANCES

20.00000

RANDOM_GROUP

3

RANDOM_TYPE

diagonal

FILE

(CO)VARIANCES

15.00000

 

설명

 

DATAFILE

renf90.dat

 

자료 파일의 이름

 

NUMBER_OF_TRAITS

1

 

형질의 수

 

NUMBER_OF_EFFECTS

3

 

효과의 수

 

OBSERVATION(S)

1

 

관측치는 첫째 컬럼

 

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

2 2 cross

3 15 cross

4 3 cross

 

세 효과에 대한 위치, 레벨 개수, 분류효과인지 연속효과인지 여부

 

RANDOM_RESIDUAL VALUES

65.00000

 

잔차 분산

 

RANDOM_GROUP

2

 

둘째 효과가 임의 효과

 

RANDOM_TYPE

add_animal

 

개체 효과

 

FILE

renadd02.ped

 

혈통 파일

 

(CO)VARIANCES

20.00000

 

개체 효과의 분산

 

RANDOM_GROUP

3

 

셋째 효과는 임의효과

 

RANDOM_TYPE

diagonal

 

대각원소에 특정값을 더하여 주는 임의효과(영구환경 효과)

 

FILE

(CO)VARIANCES

15.00000

영구환경효가 분산

 

 

다음은 blupf90 실행 화면

 

 

 

 

 

solutions 결과 파일

 

trait/effect level solution

1 1 1 91.49314010

1 1 2 75.76444444

1 2 1 -1.66706602

1 2 2 0.54503060

1 2 3 3.92525604

1 2 4 -1.14141063

1 2 5 -1.09755878

1 2 6 0.44787118

1 2 7 -2.33373269

1 2 8 -3.81879549

1 2 9 2.89476329

1 2 10 1.52525604

1 2 11 -1.44077295

1 2 12 -1.17487923

1 2 13 1.44077295

1 2 14 1.44077295

1 2 15 -0.26589372

1 3 1 -1.76231884

1 3 2 2.16115942

1 3 3 -0.39884058

 

형질 1개, 효과 3개

첫째 고정효과는 2개의 레벨

둘째 개체효과는 15개의 레벨

셋째 공통환경효과는 3개의 레벨

 

개체효과 1번은 원래 7번으로 육종가 –1.66706602

공통환경효과 1번은 원래 2번으로 –1.76231884

 

 

03_common.zip