blupf90으로 다형질 모형(no environmental covariance)의 육종가 구하기

blupf90으로 다형질 모형(no environmental covariance)의 육종가 구하기

 

R. A. Mrode, Linear Models for the prediction of Animal Breeding Values, 2nd Edition. p107 Example 5.6

 

두 개의 형질을 한 개체에서 동시에 측정한 자료가 없다는 뜻. 한 개체에서 두 개의 형질을 동시에 측정하지 못하였으므로 잔차 공분산이 0

 

data

 

9 1 375 0

10 2 250 0

11 2 300 0

12 1 450 0

13 1 0 200

14 2 0 160

15 3 0 150

16 2 0 250

17 3 0 175

 

animal, hys, yearling weight, fat yield

yearling weight는 male에서 fat yield는 female에서 측정

yearling weight와 fat yield가 0인 것은 측정하지 못하여 missing이란 뜻

 

data.txt로 저장

 

pedigree

 

1 0 0

2 0 0

3 0 0

4 1 0

5 0 0

6 0 0

7 0 0

8 0 0

9 1 4

10 2 5

11 1 6

12 3 0

13 1 7

14 3 8

15 2 0

16 2 13

17 3 15

 

pedi.txt로 저장

 

renumf90을 위한 parameter 파일 작성

 

# Parameter file for program renf90; it is translated to parameter

# file for BLUPF90 family programs.

DATAFILE

data.txt

TRAITS

3 4

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

77 0

0 70

EFFECT

2 2 cross numer

EFFECT

1 1 cross numer

RANDOM

animal

FILE

pedi.txt

FILE_POS

1 2 3

PED_DEPTH

0

(CO)VARIANCES

43 18

18 30

 

설명

 

DATAFILE

data.txt

 

자료 파일 이름

 

TRAITS

3 4

 

자료 파일에서 관측치의 위치(컬럼)

 

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

77 0

0 70

 

잔차 분산-공분산 행렬(공분산이 0)

 

EFFECT

2 2 cross numer

 

둘째 컬럼이 첫째 형질과 둘째 형질의 고정효과로 쓰임

 

EFFECT

1 1 cross numer

 

첫째 컬럼이 첫째 형질과 둘째의 분류 효과. 숫자로 되어 있음

 

RANDOM

animal

 

임의 개체 효과

 

FILE

pedi.txt

 

혈통 파일 이름

 

FILE_POS

1 2 3

 

혈통 파일은 animal, sire, dam

 

PED_DEPTH

0

 

끝까지 혈통 추적

 

(CO)VARIANCES

43 18

18 30

 

개체 효과의 분산-공분산 행렬

 

실행 화면

 

 

 

 

생성된 파일

 

renf90.tables

 

Effect group 1 of column 1 with 3 levels, effect # 1

Value # consecutive number

1 3 1

2 4 2

3 2 3

 

고정효과 : 원래 번호, 개수, 새로운 번호

 

renf90.dat

 

375 0 1 2

250 0 2 7

300 0 2 4

450 0 1 9

0 200 1 5

0 160 2 1

0 150 3 6

0 250 2 3

0 175 3 8

 

trait1, trait2, 고정효과, 개체효과

 

renadd02.ped

 

16 0 0 3 0 0 0 0 1 7

1 12 17 1 0 2 1 0 0 14

11 0 0 3 0 0 0 3 0 2

2 10 13 1 0 2 1 0 0 9

3 11 5 1 0 2 1 0 0 16

13 10 0 2 0 1 0 0 1 4

4 10 15 1 0 2 1 0 0 11

15 0 0 3 0 0 0 0 1 6

5 10 16 1 0 2 1 0 1 13

10 0 0 3 0 0 0 4 0 1

17 0 0 3 0 0 0 0 1 8

6 11 0 2 0 1 1 0 1 15

12 0 0 3 0 0 0 3 0 3

7 11 14 1 0 2 1 0 0 10

8 12 6 1 0 2 1 0 0 17

14 0 0 3 0 0 0 0 1 5

9 12 0 2 0 1 1 0 0 12

 

renumbered 된 혈통. 자세한 설명은 single trait animal model 참조

 

renf90.par

 

# BLUPF90 parameter file created by RENF90

DATAFILE

renf90.dat

NUMBER_OF_TRAITS

2

NUMBER_OF_EFFECTS

2

OBSERVATION(S)

1 2

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

3 3 3 cross

4 4 17 cross

RANDOM_RESIDUAL VALUES

77.000 0.0000

0.0000 70.000

RANDOM_GROUP

2

RANDOM_TYPE

add_animal

FILE

renadd02.ped

(CO)VARIANCES

43.000 18.000

18.000 30.000

 

설명

 

DATAFILE

renf90.dat

 

자료 파일의 이름

 

NUMBER_OF_TRAITS

2

 

형질의 수

 

NUMBER_OF_EFFECTS

2

 

효과의 수(hys, animal)

 

OBSERVATION(S)

1 2

 

관측치의 위치

 

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

3 3 3 cross

4 4 17 cross

 

셋째 컬럼이 trait1과 trait2의 효과. 레벨 개수는 3, 분류 효과

넷째 컬럼이 trati1과 trait2의 효과, 레벨 개수는 17, 분류 효과

 

RANDOM_RESIDUAL VALUES

77.000 0.0000

0.0000 70.000

 

잔차 효과의 분산-공분산 행렬(두 형질을 같이 측정한 형질이 없으므로 공분산이 0)

 

RANDOM_GROUP

2

 

효과 중 둘째 효과가 임의 효과

 

RANDOM_TYPE

add_animal

 

additive genetic animal effect

 

FILE

renadd02.ped

 

혈통 파일의 이름

 

(CO)VARIANCES

43.000 18.000

18.000 30.000

 

개체 효과의 분산-공분산 효과

 

blupf90 실행 화면

 

 

 

 

 

solutions 결과 파일

 

trait/effect level solution

1 1 1 412.26461021

2 1 1 194.02873739

1 1 2 276.21358858

2 1 2 204.76610965

1 1 3 0.00000000

2 1 3 161.66298597

1 2 1 -4.29186759

2 2 1 -11.52727946

1 2 2 -12.16159092

2 2 2 -3.09091178

1 2 3 4.29039315

2 2 3 11.99503593

1 2 4 5.83587554

2 2 4 3.77629966

1 2 5 1.52280276

2 2 5 5.97116677

1 2 6 -1.87033994

2 2 6 0.01066152

1 2 7 -8.26302814

2 2 7 -1.26048508

1 2 8 2.68416678

2 2 8 1.66340161

1 2 9 12.63237909

2 2 9 3.55774512

1 2 10 -3.36492308

2 2 10 1.25819001

1 2 11 -1.48926107

2 2 11 3.77359354

1 2 12 4.23684672

2 2 12 -1.68687071

1 2 13 -6.93950287

2 2 13 -1.57158871

1 2 14 -5.01233371

2 2 14 -2.09823750

1 2 15 5.01232818

2 2 15 2.09820911

1 2 16 2.13685199

2 2 16 3.56140393

1 2 17 -4.27357454

2 2 17 -7.12258400

 

형질 2개, 효과 2개

1번 animal은 원래 14번 개체, trait1의 육종가는 –4.29186759 trait2의 육종가는 –11.52727946

# 책의 값과 다른데, wombat, asreml 등으로 검토한 결과 책의 값이 틀린 것으로 보인다.