blupf90으로 repeatability 모델의 육종가 구하기

blupf90으로 repeatability모형 풀기

 

R. A. Mrode, Linear Models for the prediction of Animal Breeding Values, 2nd Edition. p73 Example 4.1

 

data

 

4 1 1 201

4 2 3 280

5 1 1 150

5 2 4 200

6 1 2 160

6 2 3 190

7 1 1 180

7 2 3 250

8 1 2 285

8 2 4 300

 

animal, parity, hys, fat_yield

 

data.txt로 저장

 

pedigree

 

1 0 0

2 0 0

3 0 0

4 1 2

5 3 2

6 1 5

7 3 4

8 1 7

 

animal, sire, dam

 

pedi.txt로 저장

 

renumf90을 위한 parameter 파일 작성

 

# Parameter file for program renf90; it is translated to parameter

# file for BLUPF90 family programs.

DATAFILE

data.txt

TRAITS

4

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

28.0

EFFECT

2 cross numer

EFFECT

3 cross numer

EFFECT

1 cross numer

RANDOM

animal

OPTIONAL

pe

FILE

pedi.txt

FILE_POS

1 2 3

PED_DEPTH

10

(CO)VARIANCES

20.0

(CO)VARIANCES_PE

12.0

OPTION sol se

 

설명

 

DATAFILE

data.txt

 

자료 파일 이름

 

TRAITS

4

 

형질의 컬럼 번호

 

FIELDS_PASSED TO OUTPUT

 

WEIGHT(S)

 

RESIDUAL_VARIANCE

28.0

 

잔차 분산

 

EFFECT

2 cross numer

 

2번째 컬럼이 고정 효과

 

EFFECT

3 cross numer

 

3번째 컬럼이 고정 효과

 

EFFECT

1 cross numer

RANDOM

animal

 

첫번째 컬럼이 additive genetic effect

 

OPTIONAL

pe

 

첫번째 컬럼이 또한 permanent environmental effect

 

FILE

pedi.txt

 

혈통 파일 이름

 

FILE_POS

1 2 3

 

혈통 파일은 animal, sire, dam 순서

 

PED_DEPTH

10

 

혈통을 10 세대까지 추적

 

(CO)VARIANCES

20.0

 

개체의 분산

 

(CO)VARIANCES_PE

12.0

 

영구 환경 효과 분산

 

OPTION sol se

해의 standard error 출력, 육종가의 정확도 구할 때 사용

실행 화면

 

 

 

 

  

생성된 파일

 

renf90.tables

 

Effect group 1 of column 1 with 2 levels, effect # 1

Value # consecutive number

1 5 1

2 5 2

Effect group 2 of column 1 with 4 levels, effect # 2

Value # consecutive number

1 3 1

2 2 2

3 3 3

4 2 4

 

고정효과의 원래 이름, 개수, 새로운 번호

 

renf90.dat

 

201 1 1 2

280 2 3 2

150 1 1 5

200 2 4 5

160 1 2 3

190 2 3 3

180 1 1 1

250 2 3 1

285 1 2 4

300 2 4 4

 

관측치, 고정효과 1, 고정효과 2, 개체 및 영구환경효과가 1컬럼

 

renadd03.ped

 

1 8 2 1 0 2 2 0 1 7

7 0 0 3 0 0 0 0 2 2

2 6 7 1 0 2 2 0 1 4

3 6 5 1 0 2 2 0 0 6

6 0 0 3 0 0 0 3 0 1

4 6 1 1 0 2 2 0 0 8

8 0 0 3 0 0 0 2 0 3

5 8 7 1 0 2 2 0 1 5

 

renumbered 된 혈통. 자세한 설명은 single trait animal model 참조

 

renf90.par

 

# BLUPF90 parameter file created by RENF90

DATAFILE

renf90.dat

NUMBER_OF_TRAITS

1

NUMBER_OF_EFFECTS

4

OBSERVATION(S)

1

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

2 2 cross

3 4 cross

4 8 cross

4 8 cross

RANDOM_RESIDUAL VALUES

28.00000

RANDOM_GROUP

3

RANDOM_TYPE

add_animal

FILE

renadd03.ped

(CO)VARIANCES

20.00000

RANDOM_GROUP

4

RANDOM_TYPE

diagonal

FILE

(CO)VARIANCES

12.00000

OPTION sol se

  

blupf90 실행을 위한 parameter 파일

 

설명

 

DATAFILE

renf90.dat

 

자료 파일 이름

 

NUMBER_OF_TRAITS

1

 

형질의 수

 

NUMBER_OF_EFFECTS

4

 

효과의 수(고정효과 1, 고정효과 2, 개체효과, 영구환경효과)

 

OBSERVATION(S)

1

 

관측치는 1컬럼

 

WEIGHT(S)

EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]

2 2 cross

3 4 cross

4 8 cross

4 8 cross

 

효과의 위치와 레벨 수

 

RANDOM_RESIDUAL VALUES

28.00000

 

잔차 분산

 

RANDOM_GROUP

3

 

효과 3(임의 효과)

 

RANDOM_TYPE

add_animal

 

임의 효과의 종류

 

FILE

renadd03.ped

 

혈통 파일 이름

 

(CO)VARIANCES

20.00000

 

개체 분산

 

RANDOM_GROUP

4

 

효과 4(임의 효과)

 

RANDOM_TYPE

diagonal

 

임의 효과의 종류(영구환경효과는 대각원소에 값을 더하는 것임)

 

FILE

(CO)VARIANCES

12.00000

 

영구환경효과 분산

OPTION sol se

해의 standard error 를 출력하여 정확도 구할 때 이용

 

다음은 blupf90 실행 화면

 

 

 

 

 

solutions 결과 파일

 

trait/effect level  solution          s.e.

   1   1         1        175.47201349          4.87281841

   1   1         2        241.89292349          4.89514134

   1   2         1          0.00000000          0.00000000

   1   2         2         44.06544643          5.84677204

   1   2         3          0.00000000          0.00000000

   1   2         4          0.01317142          5.76142116

   1   3         1          9.32843242          4.14473900

   1   3         2         13.58074302          4.13086417

   1   3         3        -18.38678174          4.15844835

   1   3         4         24.19361843          4.29701737

   1   3         5        -18.20697245          4.06001499

   1   3         6         10.14757048          4.23061109

   1   3         7         -3.08415295          4.36084294

   1   3         8         -7.06341753          4.27063934

   1   4         1         -1.38964658          3.02156498

   1   4         2          8.41697930          3.03895386

   1   4         3        -17.22849691          3.06853681

   1   4         4         17.34674038          3.11992378

   1   4         5         -7.14557620          3.09509319

   1   4         6          0.00000000          3.46410162

   1   4         7          0.00000000          3.46410162

   1   4         8          0.00000000          3.46410162

 

형질은 1개, 효과는 4개.

1번 고정효과에는 2레벌, 2번 고정효과에는 4레벨이 있음

3번은 개체 효과로 8레벨, 4번은 영구환경효과로 8레벨이 있으나 표현형을 가지고 있지 않을 것은 0

위에서 개체 1번은 원래 7 : 개체 육종가 9.32870831, 영구환경효과 –1.39006066

repeatability_blupf90.zip