Model with Common Environmental Effect using WOMBAT

WOMBAT을 이용하여 Model with Common Environmental Effect 풀기

암퇘지가 여러 마리를 낳아 동시에 키움.

암퇘지의 자식들은 어미라는 공통 환경 효과를 가짐

 

예제 자료

R.A. Mrode, Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. 2nd. Edition

Page 79. Example 4.2

자료입력

6 2 1 90
7 2 2 70
8 2 2 65
9 4 2 98
10 4 1 106
11 4 2 60
12 4 2 80
13 5 1 100
14 5 2 85
15 5 1 68
개체, 어미,성별, 체중

위 자료를 data.txt로 저장

혈통입력

1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 0 0
5 0 0
6 1 2
7 1 2
8 1 2
9 3 4
10 3 4
11 3 4
12 3 4
13 1 5
14 1 5
15 1 5
개체, 아비, 어미

위 자료를 pedi.txt로 저장

파라미터 파일 작성

# run option - 육종가를 구할 때
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
#RUNOP -v --solvit

# run option - 육종가와 SEP(standard error of prediction)
# reliability(r2) = 1- SEP^2 / sigma_a^2
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
RUNOP -v --blup

# run option - 좋은 초기값으로 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --good

# run option - 나쁜 초기값일 때 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --bad

# 요약 출력파일에 출력할 내용
COMMENT Model with Common Environmental Effects from Mrode

# 혈통 파일 이름
# SumPedigree.out 확인
PED pedi.txt

# 자료 파일 이름
DATA data.txt
  animal
  dam 3
  sex 2
  wean_wt
END DATA

# Analysis Type
ANALYSIS UNI

# Model of analysis
# SumModel.out 확인
MODEL
  TR wean_wt
  FIX sex
  RAN animal NRM
  RAN dam    IDE
END MODEL

# 분산 성분
VAR animal 1
20

VAR dam 1
15

VAR error 1
65

위 파라미터 파일을 wombat.par로 저장

실행

위 세 파일을 한 폴더에 넣고 다음과 같이 실행

 

 

결과 확인

RnSoln_animal.dat 확인

 Run N   Original ID Tr     Solution        St.Error     Ignore  Inbr %        
     1             1  1    -1.44077         4.31714       0.261   0.000
     2             2  1    -1.17488         4.30706       0.269   0.000
     3             3  1     1.44077         4.31714       0.261   0.000
     4             4  1     1.44077         4.31714       0.261   0.000
     5             5  1   -0.265894         4.31714       0.261   0.000
     6             6  1    -1.09756         4.17520       0.358   0.000
     7             7  1    -1.66707         4.14999       0.373   0.000
     8             8  1    -2.33373         4.14999       0.373   0.000
     9             9  1     3.92526         4.12388       0.387   0.000
    10            10  1     2.89476         4.11248       0.393   0.000
    11            11  1    -1.14141         4.12388       0.387   0.000
    12            12  1     1.52526         4.12388       0.387   0.000
    13            13  1    0.447871         4.18887       0.350   0.000
    14            14  1    0.545031         4.14518       0.375   0.000
    15            15  1    -3.81880         4.18887       0.350   0.000

RnSoln_dam.dat 확인

 Run N   Original ID Tr     Solution        St.Error     Ignore                
     1             2  1    -1.76232         3.42624       0.466
     2             4  1     2.16116         3.45468       0.452
     3             5  1   -0.398841         3.45468       0.452

관련 파일

   03_Common_Environment.zip