Repeatability Model using WOMBAT

WOMBAT을 이용하여 Repeatability Model 풀기

1산차와 2산차의 지방량을 반복측정치로 간주하여 분석

한 개체가 2개 이상의 자료를 가지므로 개체에 대한 영구환경효(PE)과 추가

 

예제 자료

R.A. Mrode, Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. 2nd. Edition

Page 73. Example 4.1

자료입력

4 1 1 4 201    
4 2 3 4 280                  
5 1 1 5 150                  
5 2 4 5 200                  
6 1 2 6 160                  
6 2 3 6 190                  
7 1 1 7 180                  
7 2 3 7 250                  
8 1 2 8 285                  
8 2 4 8 300
개체, 산차, HYS, 개체, 유지방량

위 자료를 data.txt로 저장

혈통입력

1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 1 2
5 3 2
6 1 5
7 3 4
8 1 7
개체, 아비, 어미

위 자료를 pedi.txt로 저장

파라미터 파일 작성

# run option - 육종가를 구할 때
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
#RUNOP -v --solvit

# run option - 육종가와 SEP(standard error of prediction)
# reliability(r2) = 1- SEP^2 / sigma_a^2
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
RUNOP -v --blup

# run option - 좋은 초기값으로 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --good

# run option - 나쁜 초기값일 때 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --bad

# 요약 출력파일에 출력할 내용
COMMENT Repeatability Model from Mrode

# 혈통 파일 이름
# SumPedigree.out 확인
PED pedi.txt

# 자료 파일 이름
DATA data.txt
  animal
  parity 2
  hys    4
  ani_rep 10
  fat_yield
END DATA

# Analysis Type
ANALYSIS UNI

# Model of analysis
# SumModel.out 확인
MODEL
  TR fat_yield
  FIX parity
  FIX hys
  RAN animal NRM
  RAN ani_rep IDE
END MODEL

# 분산 성분
VAR animal 1
20

VAR ani_rep 1
12

VAR error 1
28

위 파라미터 파일을 wombat.par로 저장

실행

위 세 파일을 한 폴더에 넣고 다음과 같이 실행

 

 

결과 확인

RnSoln_animal.dat 확인

 Run N   Original ID Tr     Solution        St.Error     Ignore  Inbr %        
     1             1  1     10.1476         4.23061       0.324   0.000
     2             2  1    -3.08415         4.36084       0.222   0.000
     3             3  1    -7.06342         4.27064       0.297   0.000
     4             4  1     13.5807         4.13086       0.383   0.000
     5             5  1    -18.2070         4.06001       0.419   0.000
     6             6  1    -18.3868         4.15845       0.368   0.000
     7             7  1     9.32843         4.14474       0.376   0.000
     8             8  1     24.1936         4.29702       0.424  12.500

RnSoln_ani_rep.dat 확인

 Run N   Original ID Tr     Solution        St.Error     Ignore                
     1             4  1     8.41698         3.03895       0.480
     2             5  1    -7.14558         3.09509       0.449
     3             6  1    -17.2285         3.06854       0.464
     4             7  1    -1.38965         3.02156       0.489
     5             8  1     17.3467         3.11992       0.435

관련 파일

    02_Repeatability.zip