Single Trait Animal Model using WOMBAT

WOMBAT을 이용하여 Single Trait Animal Model 풀기

 

예제 자료

R.A. Mrode, Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. 2nd. Edition

Page 43. Table 3.1.

 

자료입력

4 1 4.5
5 2 2.9
6 2 3.9
7 1 3.5
8 1 5.0
개체, 고정효과, 이유전증체량

위 자료를 data.txt로 저장

 

혈통입력

1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 1 0
5 3 2
6 1 2
7 4 5
8 3 6
개체, 아비, 어미

위 자료를 pedi.txt로 저장

 

파라미터 파일 작성

# run option - 육종가를 구할 때
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
RUNOP -v --solvit

# run option - 육종가와 SEP(standard error of prediction)
# reliability(r2) = 1- SEP^2 / sigma_a^2
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
#RUNOP -v --blup

# run option - 좋은 초기값으로 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --good

# run option - 나쁜 초기값일 때 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --bad

# 요약 출력파일에 출력할 내용
COMMENT Single Trait Animal Model from Mrode

# 혈통 파일 이름
# SumPedigree.out 확인
PED pedi.txt

# 자료 파일 이름
DATA data.txt
  animal
  sex 2
  wwg
END DATA

# Analysis Type
ANALYSIS UNI

# Model of analysis
# SumModel.out 확인
MODEL
   RAN animal NRM
   FIX sex
   TR  wwg
END MODEL

# 분산 성분
VAR animal 1
20

VAR RESIDUAL 1
40

 

위 파라미터 파일을  wombat.par로 저장

 

실행

위 세 파일을 한 폴더에 넣고 다음과 같이 실행

 

 

결과 확인

SumModel.out

======= Version 19-05-2012 ======================================= **KM** ====

        Program WOMBAT : Summary of information from Set-up step
==============================================================================

 Single Trait Animal Model from Mrode                                      

 Analysis type          :   "UNI"
 Data file              :   "data.txt"
 Pedigree file          :   "pedi.txt"
 Parameter file         :   "wombat.par"

 No. of traits          =   1
                      nrec       mean         sdev          min.         max.
   1  "wwg"              5    3.96000     0.823408       2.90000      5.00000   

 Fixed effects
 1 "wwg"              nlev
   1  "sex"              2

 Random effects       nlev
   1  "animal"           8    NRM
======== end of file ============================11-04-2013==========13:48====

 

 

SumPedigree.out

======= Version 19-05-2012 ======================================= **KM** ====

        Program WOMBAT : Summary of Pedigree Information
==============================================================================

 Single Trait Animal Model from Mrode                                      

 Analysis type          :   "UNI"
 Data file              :   "data.txt"
 Pedigree file          :   "pedi.txt"
 Parameter file         :   "wombat.par"

 No. of animal IDs in data file =           =         5
 No. of animal IDs in total     =           =         8

Inbreeding coefficients for random effect   1 computed
No. of inbred animals          =       0
Average inbreeding coefficient =  0.0000 (in %)
  random effect no. = 1 NRM
  no. of elements in NRM/GIN inverse  21
  log determinant   = -3.0602707946915624
======== end of file ============================11-04-2013==========13:48====

 

RnSoln_animal.dat 확인

 Run N   Original ID Tr     Solution     Inbr %                                
     1             1  1    0.984446E-01   0.000
     2             2  1   -0.187701E-01   0.000
     3             3  1   -0.410842E-01   0.000
     4             4  1   -0.866312E-02   0.000
     5             5  1   -0.185732       0.000
     6             6  1    0.176872       0.000
     7             7  1   -0.249459       0.000
     8             8  1    0.182615       0.000

관련 파일

   01_stam.zip