필요한 일부의 SNP만을 출력하였는데 출력하고 보니 일루미나의 SNP 이름과 Axiom의 SNP이 이름이 서로 달랐다. 이름, Chromsome, Position이 같아야 imputation을 위한 snp_info 파일을 만들기 편하다. 그래서 여기서는 SNP를 다운로드할 때 Axiom의 SNP 이름이 아니라 일루미나의 SNP 이름으로 다운로드하는 방법에 대해서 알아본다. Axiom의 어느 SNP 이름을 일루미나의 어느 SNP 이름으로 바꿀지 미리 준비하여야 하는데 그것은 이전 글을 참고하기 바란다. 이전 글에서 준비한 엑셀파일에서 Axiom SNP 이름, 일루미나 SNP 이름 순으로 준비한다.
참고 글
https://blog.naver.com/iq6000/223727846510
'Animal Breeding > Axiom Microarray Genotyping' 카테고리의 다른 글
Final Report와 SNP Map 파일을 SNP 순으로 정렬하기 (5) | 2024.11.07 |
---|---|
일부 SNP에 대해서 Final Report 다운로드하기 (2) | 2024.11.06 |
Final Report 다운로드하기 (2) | 2024.11.06 |
Final Report 다운로드 하기(개체 이름 템플릿 작성) (1) | 2024.11.06 |
Genotyping Data를 다운로드하기(PLINK) (2) | 2024.11.05 |