Multivariate Model(Unequal Design Matrices) using WOMBAT

WOMBAT을 이용하여 Multiple traits animal model 풀기

(Unequal Desing Matrices)

젖소의 산차별 기록을 서로 다른 형질로 간주하여 분석

예제 자료

R.A. Mrode, Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. 2nd. Edition

Page 102 Example 5.5

자료입력

1 4 1 201
2 4 1 280
1 5 1 150
2 5 2 200
1 6 2 160
2 6 1 190
1 7 1 180
2 7 1 250
1 8 2 285
2 8 2 300
형질번호, 개체, HYS, 지방량

위 자료를 data.txt로 저장

혈통입력

1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 1 2
5 3 2
6 1 5
7 3 4
8 1 7
개체, 아비, 어미

위 자료를 pedi.txt로 저장

파라미터 파일 작성

## run option - 육종가를 구할 때
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
#RUNOP -v --solvit

# run option - 육종가와 SEP(standard error of prediction)
# reliability(r2) = 1- SEP^2 / sigma_a^2
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
RUNOP -v --blup

# run option - 좋은 초기값으로 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --good

# run option - 나쁜 초기값일 때 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --bad

# 요약 출력파일에 출력할 내용
COMMENT Multivariate Model(unequal Design Matrices) from Mrode 2nd edition Example 5.5

# Analysis Type
# multivariate analysis, 2가지 형질
ANALYSIS MUV 2

# 혈통 파일 이름
# SumPedigree.out 확인
PED pedi.txt

# 자료 파일 이름
DATA data.txt
  TR1 traitno 2
  TR1 animal
  TR1 hys1 2
  TR1 fat1

  TR2 traitno 2
  TR2 animal
  TR2 hys2 2
  TR2 fat2
END DATA

# Model of analysis
# SumModel.out 확인
MODEL
  TR fat1 1
  TR fat2 2
  FIX hys1 1
  FIX hys2 2
  RAN animal NRM 1 2
END MODEL

# 분산 성분
VAR animal 2
35 28 30

VAR error 2
65 27 70

# SumModel.out 확인
# SumEstimates.out 확인
# SumPedigree.out 확인
# FixSolutions.out 확인
# RnSoln_xxx.dat 확인

위 파라미터 파일을 wombat.par로 저장

실행

위 세 파일을 한 폴더에 넣고 다음과 같이 실행

 

결과 확인

RnSoln_animal.dat 확인

 Run N   Original ID Tr     Solution        St.Error     Ignore  Inbr %        
     1             1  1     8.96916         5.66508       0.288   0.000
     1                2     8.84029         5.22605       0.299
     2             2  1    -2.99914         5.80411       0.194   0.000
     2                2    -2.77728         5.36136       0.205
     3             3  1    -5.97002         5.68610       0.276   0.000
     3                2    -6.06301         5.27663       0.268
     4             4  1     11.7542         5.51747       0.361   0.000
     4                2     11.6576         5.13652       0.347
     5             5  1    -16.2530         5.43965       0.393   0.000
     5                2    -15.8235         5.05859       0.383
     6             6  1    -17.3143         5.58260       0.331   0.000
     6                2    -15.7191         5.15455       0.338
     7             7  1     8.69047         5.54738       0.348   0.000
     7                2     8.13764         5.14803       0.341
     8             8  1     22.7021         5.78391       0.388  12.500
     8                2     20.9307         5.34969       0.390

관련 파일

 

06_Multi_03.zip