blupf90으로 common environmental effect 모형의 육종가 구하기
blupf90으로 common environmental effect 모형의 육종가 구하기
R. A. Mrode, Linear Models for the prediction of Animal Breeding Values, 2nd Edition. p79 Example 4.2
data
6 2 1 90
7 2 2 70
8 2 2 65
9 4 2 98
10 4 1 106
11 4 2 60
12 4 2 80
13 5 1 100
14 5 2 85
15 5 1 68
개체, 어미, sex, weaning_weight
data.txt로 저장
혈통
1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 0 0
5 0 0
6 1 2
7 1 2
8 1 2
9 3 4
10 3 4
11 3 4
12 3 4
13 1 5
14 1 5
15 1 5
animal, sire, dam
pedi.txt로 저장
renumf90을 위한 parameter 파일 작성
# Parameter file for program renf90; it is translated to parameter
# file for BLUPF90 family programs.
DATAFILE
data.txt
TRAITS
4
FIELDS_PASSED TO OUTPUT
WEIGHT(S)
RESIDUAL_VARIANCE
65.0
EFFECT
3 cross numer
EFFECT
1 cross numer
RANDOM
animal
FILE
pedi.txt
FILE_POS
1 2 3
PED_DEPTH
10
(CO)VARIANCES
20.0
EFFECT
2 cross numer
RANDOM
diagonal
(CO)VARIANCES
15
설명
DATAFILE
data.txt
자료 파일 이름
TRAITS
4
관측치 컬럼
FIELDS_PASSED TO OUTPUT
WEIGHT(S)
RESIDUAL_VARIANCE
65.0
잔차 분산
EFFECT
3 cross numer
셋째 컬럼이 분류효과, 숫자로 되어 있음
EFFECT
1 cross numer
첫째 컬럼이 분류 효과, 숫자로 되어 있음
RANDOM
animal
개체 효과
FILE
pedi.txt
혈통 파일의 이름
FILE_POS
1 2 3
혈통은 animal, sire, dam 순서
PED_DEPTH
10
10세대까지 혈통 추적
(CO)VARIANCES
20.0
개체 효과의 분산
EFFECT
2 cross numer
둘째 컬럼이 분류 효과. 숫자로 되어 있음
RANDOM
diagonal
대각원소에 특정값을 더해 주는 임의 효과(여기서는 공통 환경 효과)
(CO)VARIANCES
15
공통 환경 효과의 분산
실행 화면
생성된 파일
renf90.tables
Effect group 1 of column 1 with 2 levels, effect # 1
Value # consecutive number
1 4 1
2 6 2
Effect group 3 of column 1 with 3 levels, effect # 3
Value # consecutive number
2 3 1
4 4 2
5 3 3
sex 효과와 공통환경 효과에 대한 개수와 새로운 번호
renf90.dat
90 1 5 1
70 2 1 1
65 2 7 1
98 2 3 2
106 1 9 2
60 2 4 2
80 2 10 2
100 1 6 3
85 2 2 3
68 1 8 3
관측치, 고정효과(sex), 개체효과, 공통환경효과
renadd03.ped
1 11 12 1 0 2 1 0 0 7
2 11 15 1 0 2 1 0 0 14
12 0 0 3 0 0 0 0 3 2
3 13 14 1 0 2 1 0 0 9
14 0 0 3 0 0 0 0 4 4
4 13 14 1 0 2 1 0 0 11
5 11 12 1 0 2 1 0 0 6
6 11 15 1 0 2 1 0 0 13
11 0 0 3 0 0 0 6 0 1
7 11 12 1 0 2 1 0 0 8
8 11 15 1 0 2 1 0 0 15
13 0 0 3 0 0 0 4 0 3
9 13 14 1 0 2 1 0 0 10
15 0 0 3 0 0 0 0 3 5
10 13 14 1 0 2 1 0 0 12
renumbered 된 혈통. 자세한 설명은 single trait animal model 참조
renf90.par
# BLUPF90 parameter file created by RENF90
DATAFILE
renf90.dat
NUMBER_OF_TRAITS
1
NUMBER_OF_EFFECTS
3
OBSERVATION(S)
1
WEIGHT(S)
EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]
2 2 cross
3 15 cross
4 3 cross
RANDOM_RESIDUAL VALUES
65.00000
RANDOM_GROUP
2
RANDOM_TYPE
add_animal
FILE
renadd02.ped
(CO)VARIANCES
20.00000
RANDOM_GROUP
3
RANDOM_TYPE
diagonal
FILE
(CO)VARIANCES
15.00000
설명
DATAFILE
renf90.dat
자료 파일의 이름
NUMBER_OF_TRAITS
1
형질의 수
NUMBER_OF_EFFECTS
3
효과의 수
OBSERVATION(S)
1
관측치는 첫째 컬럼
WEIGHT(S)
EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]
2 2 cross
3 15 cross
4 3 cross
세 효과에 대한 위치, 레벨 개수, 분류효과인지 연속효과인지 여부
RANDOM_RESIDUAL VALUES
65.00000
잔차 분산
RANDOM_GROUP
2
둘째 효과가 임의 효과
RANDOM_TYPE
add_animal
개체 효과
FILE
renadd02.ped
혈통 파일
(CO)VARIANCES
20.00000
개체 효과의 분산
RANDOM_GROUP
3
셋째 효과는 임의효과
RANDOM_TYPE
diagonal
대각원소에 특정값을 더하여 주는 임의효과(영구환경 효과)
FILE
(CO)VARIANCES
15.00000
영구환경효가 분산
다음은 blupf90 실행 화면
solutions 결과 파일
trait/effect level solution
1 1 1 91.49314010
1 1 2 75.76444444
1 2 1 -1.66706602
1 2 2 0.54503060
1 2 3 3.92525604
1 2 4 -1.14141063
1 2 5 -1.09755878
1 2 6 0.44787118
1 2 7 -2.33373269
1 2 8 -3.81879549
1 2 9 2.89476329
1 2 10 1.52525604
1 2 11 -1.44077295
1 2 12 -1.17487923
1 2 13 1.44077295
1 2 14 1.44077295
1 2 15 -0.26589372
1 3 1 -1.76231884
1 3 2 2.16115942
1 3 3 -0.39884058
형질 1개, 효과 3개
첫째 고정효과는 2개의 레벨
둘째 개체효과는 15개의 레벨
셋째 공통환경효과는 3개의 레벨
개체효과 1번은 원래 7번으로 육종가 –1.66706602
공통환경효과 1번은 원래 2번으로 –1.76231884
03_common.zip