blupf90으로 다형질 모형(no environmental covariance)의 육종가 구하기
blupf90으로 다형질 모형(no environmental covariance)의 육종가 구하기
R. A. Mrode, Linear Models for the prediction of Animal Breeding Values, 2nd Edition. p107 Example 5.6
두 개의 형질을 한 개체에서 동시에 측정한 자료가 없다는 뜻. 한 개체에서 두 개의 형질을 동시에 측정하지 못하였으므로 잔차 공분산이 0
data
9 1 375 0
10 2 250 0
11 2 300 0
12 1 450 0
13 1 0 200
14 2 0 160
15 3 0 150
16 2 0 250
17 3 0 175
animal, hys, yearling weight, fat yield
yearling weight는 male에서 fat yield는 female에서 측정
yearling weight와 fat yield가 0인 것은 측정하지 못하여 missing이란 뜻
data.txt로 저장
pedigree
1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 1 0
5 0 0
6 0 0
7 0 0
8 0 0
9 1 4
10 2 5
11 1 6
12 3 0
13 1 7
14 3 8
15 2 0
16 2 13
17 3 15
pedi.txt로 저장
renumf90을 위한 parameter 파일 작성
# Parameter file for program renf90; it is translated to parameter
# file for BLUPF90 family programs.
DATAFILE
data.txt
TRAITS
3 4
FIELDS_PASSED TO OUTPUT
WEIGHT(S)
RESIDUAL_VARIANCE
77 0
0 70
EFFECT
2 2 cross numer
EFFECT
1 1 cross numer
RANDOM
animal
FILE
pedi.txt
FILE_POS
1 2 3
PED_DEPTH
0
(CO)VARIANCES
43 18
18 30
설명
DATAFILE
data.txt
자료 파일 이름
TRAITS
3 4
자료 파일에서 관측치의 위치(컬럼)
FIELDS_PASSED TO OUTPUT
WEIGHT(S)
RESIDUAL_VARIANCE
77 0
0 70
잔차 분산-공분산 행렬(공분산이 0)
EFFECT
2 2 cross numer
둘째 컬럼이 첫째 형질과 둘째 형질의 고정효과로 쓰임
EFFECT
1 1 cross numer
첫째 컬럼이 첫째 형질과 둘째의 분류 효과. 숫자로 되어 있음
RANDOM
animal
임의 개체 효과
FILE
pedi.txt
혈통 파일 이름
FILE_POS
1 2 3
혈통 파일은 animal, sire, dam
PED_DEPTH
0
끝까지 혈통 추적
(CO)VARIANCES
43 18
18 30
개체 효과의 분산-공분산 행렬
실행 화면
생성된 파일
renf90.tables
Effect group 1 of column 1 with 3 levels, effect # 1
Value # consecutive number
1 3 1
2 4 2
3 2 3
고정효과 : 원래 번호, 개수, 새로운 번호
renf90.dat
375 0 1 2
250 0 2 7
300 0 2 4
450 0 1 9
0 200 1 5
0 160 2 1
0 150 3 6
0 250 2 3
0 175 3 8
trait1, trait2, 고정효과, 개체효과
renadd02.ped
16 0 0 3 0 0 0 0 1 7
1 12 17 1 0 2 1 0 0 14
11 0 0 3 0 0 0 3 0 2
2 10 13 1 0 2 1 0 0 9
3 11 5 1 0 2 1 0 0 16
13 10 0 2 0 1 0 0 1 4
4 10 15 1 0 2 1 0 0 11
15 0 0 3 0 0 0 0 1 6
5 10 16 1 0 2 1 0 1 13
10 0 0 3 0 0 0 4 0 1
17 0 0 3 0 0 0 0 1 8
6 11 0 2 0 1 1 0 1 15
12 0 0 3 0 0 0 3 0 3
7 11 14 1 0 2 1 0 0 10
8 12 6 1 0 2 1 0 0 17
14 0 0 3 0 0 0 0 1 5
9 12 0 2 0 1 1 0 0 12
renumbered 된 혈통. 자세한 설명은 single trait animal model 참조
renf90.par
# BLUPF90 parameter file created by RENF90
DATAFILE
renf90.dat
NUMBER_OF_TRAITS
2
NUMBER_OF_EFFECTS
2
OBSERVATION(S)
1 2
WEIGHT(S)
EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]
3 3 3 cross
4 4 17 cross
RANDOM_RESIDUAL VALUES
77.000 0.0000
0.0000 70.000
RANDOM_GROUP
2
RANDOM_TYPE
add_animal
FILE
renadd02.ped
(CO)VARIANCES
43.000 18.000
18.000 30.000
설명
DATAFILE
renf90.dat
자료 파일의 이름
NUMBER_OF_TRAITS
2
형질의 수
NUMBER_OF_EFFECTS
2
효과의 수(hys, animal)
OBSERVATION(S)
1 2
관측치의 위치
WEIGHT(S)
EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]
3 3 3 cross
4 4 17 cross
셋째 컬럼이 trait1과 trait2의 효과. 레벨 개수는 3, 분류 효과
넷째 컬럼이 trati1과 trait2의 효과, 레벨 개수는 17, 분류 효과
RANDOM_RESIDUAL VALUES
77.000 0.0000
0.0000 70.000
잔차 효과의 분산-공분산 행렬(두 형질을 같이 측정한 형질이 없으므로 공분산이 0)
RANDOM_GROUP
2
효과 중 둘째 효과가 임의 효과
RANDOM_TYPE
add_animal
additive genetic animal effect
FILE
renadd02.ped
혈통 파일의 이름
(CO)VARIANCES
43.000 18.000
18.000 30.000
개체 효과의 분산-공분산 효과
blupf90 실행 화면
solutions 결과 파일
trait/effect level solution
1 1 1 412.26461021
2 1 1 194.02873739
1 1 2 276.21358858
2 1 2 204.76610965
1 1 3 0.00000000
2 1 3 161.66298597
1 2 1 -4.29186759
2 2 1 -11.52727946
1 2 2 -12.16159092
2 2 2 -3.09091178
1 2 3 4.29039315
2 2 3 11.99503593
1 2 4 5.83587554
2 2 4 3.77629966
1 2 5 1.52280276
2 2 5 5.97116677
1 2 6 -1.87033994
2 2 6 0.01066152
1 2 7 -8.26302814
2 2 7 -1.26048508
1 2 8 2.68416678
2 2 8 1.66340161
1 2 9 12.63237909
2 2 9 3.55774512
1 2 10 -3.36492308
2 2 10 1.25819001
1 2 11 -1.48926107
2 2 11 3.77359354
1 2 12 4.23684672
2 2 12 -1.68687071
1 2 13 -6.93950287
2 2 13 -1.57158871
1 2 14 -5.01233371
2 2 14 -2.09823750
1 2 15 5.01232818
2 2 15 2.09820911
1 2 16 2.13685199
2 2 16 3.56140393
1 2 17 -4.27357454
2 2 17 -7.12258400
형질 2개, 효과 2개
1번 animal은 원래 14번 개체, trait1의 육종가는 –4.29186759 trait2의 육종가는 –11.52727946
# 책의 값과 다른데, wombat, asreml 등으로 검토한 결과 책의 값이 틀린 것으로 보인다.