Single Trait Animal Model using WOMBAT

Animal Breeding/WOMBAT

Single Trait Animal Model using WOMBAT

투정이 2013. 4. 11. 13:56

WOMBAT을 이용하여 Single Trait Animal Model 풀기

예제 자료

R.A. Mrode, Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values. 2nd. Edition

Page 43. Table 3.1.

자료입력

4 1 4.5
5 2 2.9
6 2 3.9
7 1 3.5
8 1 5.0
개체, 고정효과, 이유전증체량

위 자료를 data.txt로 저장

혈통입력

1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 1 0
5 3 2
6 1 2
7 4 5
8 3 6
개체, 아비, 어미

위 자료를 pedi.txt로 저장

파라미터 파일 작성

# run option - 육종가를 구할 때
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
RUNOP -v --solvit

# run option - 육종가와 SEP(standard error of prediction)
# reliability(r2) = 1- SEP^2 / sigma_a^2
# RnSoln_xxx.dat 출력 파일 확인
#RUNOP -v --blup

# run option - 좋은 초기값으로 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --good

# run option - 나쁜 초기값일 때 분산성분을 추정할 때,
#RUNOP -v --bad

# 요약 출력파일에 출력할 내용
COMMENT Single Trait Animal Model from Mrode

# 혈통 파일 이름
# SumPedigree.out 확인
PED pedi.txt

# 자료 파일 이름
DATA data.txt
animal
sex 2
wwg
END DATA

# Analysis Type
ANALYSIS UNI

# Model of analysis
# SumModel.out 확인
MODEL
   RAN animal NRM
   FIX sex
   TR wwg
END MODEL

# 분산 성분
VAR animal 1
20

VAR RESIDUAL 1
40

위 파라미터 파일을 wombat.par로 저장

실행

위 세 파일을 한 폴더에 넣고 다음과 같이 실행

결과 확인

SumModel.out

======= Version 19-05-2012 ======================================= **KM** ====

Program WOMBAT : Summary of information from Set-up step
==============================================================================

Single Trait Animal Model from Mrode

Analysis type          :   "UNI"
Data file              :   "data.txt"
Pedigree file          :   "pedi.txt"
Parameter file         :   "wombat.par"

No. of traits          =   1
                      nrec       mean         sdev          min.         max.
   1 "wwg"              5    3.96000     0.823408       2.90000      5.00000

Fixed effects
1 "wwg" nlev
1 "sex" 2

Random effects nlev
1 "animal" 8 NRM
======== end of file ============================11-04-2013==========13:48====

SumPedigree.out

======= Version 19-05-2012 ======================================= **KM** ====

Program WOMBAT : Summary of Pedigree Information
==============================================================================

Single Trait Animal Model from Mrode

Analysis type          :   "UNI"
Data file              :   "data.txt"
Pedigree file          :   "pedi.txt"
Parameter file         :   "wombat.par"

No. of animal IDs in data file = = 5
No. of animal IDs in total = = 8

Inbreeding coefficients for random effect   1 computed
No. of inbred animals          =       0
Average inbreeding coefficient = 0.0000 (in %)
random effect no. = 1 NRM
no. of elements in NRM/GIN inverse 21
log determinant   = -3.0602707946915624
======== end of file ============================11-04-2013==========13:48====

RnSoln_animal.dat 확인

Run N   Original ID Tr     Solution     Inbr %
     1             1 1    0.984446E-01   0.000
     2             2 1   -0.187701E-01   0.000
     3             3 1   -0.410842E-01   0.000
     4             4 1   -0.866312E-02   0.000
     5             5 1   -0.185732       0.000
     6             6 1    0.176872       0.000
     7             7 1   -0.249459       0.000
     8             8 1    0.182615       0.000